Considering that, between them they’ve probably executed sufficient illicit substances to kill a herd of buffalo (or at least their ex-guitarist Slovak), it’s outstanding that they’re all still alive. Setelah kepergian Frusciante, RHCP sering bergonta-ganti gitaris untuk menemani mereka manggung. Frusciante lagi-lagi dianggap sebagai nyawa baru untuk RHCP yang hampir mati. Sebagai pengganti John Frusciante, Gitaris dan produser Josh Klinghoffer akhirnya resmi menggantikan John Frusciante yang hengkang dari Red Hot Chili Peppers. Masalah obat-obatan kembali menghadang mereka dan John Frusciante resmi keluar dari band pada Mei 1992 setelah tur Blood Sugar Sex Magik dilaksanakan di Jepang. Setelah vakum selama dua tahun lebih dan ditinggal oleh Frusciante, pada tahun 2011 mereka mengeluarkan album baru I’m With You dengan menggandeng Josh Klinghoffer pada posisi gitaris. Dari album ini hanya dua lagu yang dapat disebut sukses, yaitu “My Friends” dan “Aeroplane”. Pada penghargaan tersebut hadir seluruh anggota dan mantan anggota Red Hot Chili Peppers yaitu Anthony Kiedis, Josh Kinghoffer, Flea, Chad Smith dengan dua mantan drummer RHCP yaitu drummer pertama sekaligus pendiri RHCP Jack Irons dan Cliff Martinez, tanpa kehadiran Dave Navarro, Jack Sherman dan John Frusciante yang tidak hadir dalam acara penghargaan ini.
Setelah Dave Navarro dipecat pada tahun 1998 karena perbedaan kreativitas dan kecanduan heroin, John Frusciante yang telah sembuh dari narkoba sekaligus bebas dari rehabilitasi kembali ke RHCP dan mereka merekam album ketujuh pada tahun 1999 berjudul Californication. Setelah tour yang cukup melelahkan, mereka merasa bosan dan sibuk dengan kegiatan pribadi masing-masing. Pada tahun 2002, mereka menerbitkan By the way tepatnya pada tanggal 9 Juli 2002. Album ini terjual 700.000 keping pada minggu pertama dan menghasilkan lagu-lagu hit “By the Way”, “The Zephyr Song”, “Can’t Stop”, “Dosed”, dan “Universally Speaking”. Setelah menggantikannya dengan Arik Marshall yang merupakan sahabat sekaligus teman ngeband dari Flea dan Jesse Tobias yang merupakan gitaris dari Mother Tongue, selanjutnya pada bulan September 1993 posisi Frusciante digantikan oleh mantan gitaris Jane’s Addiction, Dave Navarro dan Dave Navarro direkrut untuk merekam album One Hot Minute pada tahun 1995. Album ini juga terjual 5 juta keping dan bertahan di tangga album selama 55 minggu. 1 on the US charts dan bertahan selama 2 minggu. Mereka merekam 2 lagu baru “Fortune Faded” dan “Save the Population” untuk album Greatest Hits dan pada tahun 2004 album stay mereka yang pertama, Live in Hyde Park. 3 tahun berselang, RHCP kembali mengeluarkan album ternyar mereka yang bertajuk Stadium Arcadium.
Setelah sembuhnya Frusciante pada tahun 1997, RHCP menggaetnya kembali pada tahun 1998 dan berakibat dipecatnya Dave Navarro yang dianggap tidak berhasil di band. Selang setahun setelah pernyataan vakum, Frusciante keluar dari band untuk kedua kalinya. Setelah tour di beberapa negara, pada tahun 2002 mereka mengeluarkan album baru yang berjudul By The way in which. Tour album Stadium Arcadium ini dilaksanakan hampir 2 tahun di berbagai tempat di seluruh dunia. Pada tahun 2006 mereka mengeluarkan Stadium Arcadium yang merupakan album ganda. Josh Klinghoffer adalah teman John Frusciante dalam berbagai venture dan sudah menjadi anggota tur RHCP sebagai further guitar player sejak tahun 2007. Album ini menghasilkan single antara lain “Monarchy of Roses” dan “Look Around”. Flea, John Frusciante dan Chad Smih menyibukkan diri dengan aspect undertaking mereka masing-masing, sedangkan Anthony Kiedis sibuk mengurus anak dan keluarganya serta mendalami agama yang dianutnya. Dari album ini, terlahir lagu-lagu yang luar biasa sepert “Tell Me Baby”, “Snow” (‘Hey Oh’), “Charlie”, “Hump de Bump” dan juga satu lagu yang dianggap sebagi masterpiece oleh sebgaian fans, yaitu “Dani California”. Klinghoffer adalah personil band eksperimental asal Los Angeles, Ataxia yang juga didalamnya termasuk Frusciante serta pemain bas Fugazi, Joe Lally.